Bộ Tài chính đã trình dự thảo sửa đổi, bổ sung Luật Thuế giá trị gia tăng (GTGT) nhằm tháo gỡ khó khăn trong hoàn thuế, góp phần tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp. Luật GTGT đã được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2025. Tuy nhiên, trước kiến ​​nghị của các hiệp hội, doanh nghiệp và Bộ Nông nghiệp và Môi trường (NN&PTNT), Bộ Tài chính đã được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, trình Quốc hội và Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét sửa đổi một số điều của luật.

Khiếu nại

Bộ Tài nguyên và Môi trường cùng các hiệp hội đã phản ánh nhiều vướng mắc, bất cập, cho rằng các quy định hiện hành đang tạo áp lực tài chính cho doanh nghiệp, đặc biệt là trong lĩnh vực kinh doanh nông sản. Doanh nghiệp phải nộp trước thuế GTGT đầu vào 5% cho hoạt động mua bán hàng nông sản thương mại. Số tiền thuế GTGT này sau đó được hoàn lại cho các sản phẩm có sản lượng lớn chủ yếu xuất khẩu (như cá tra, tiêu, cà phê), dẫn đến lãng phí thời gian và ứ đọng vốn. Trong khi đó, các tổ chức tín dụng không giải ngân khoản vay cho thành phần thuế này khi cung cấp vốn lưu động, tạo áp lực tài chính và làm giảm hiệu quả kinh doanh.

Các số liệu ước tính cho thấy tác động của quy định trong sáu tháng cuối năm 2025: 5.000 tỷ đồng đối với Hiệp hội Cà phê - Ca cao Việt Nam; khoảng 2.162 tỷ đồng đối với Hiệp hội Hồ tiêu và Gia vị; và khoảng 2.016 tỷ đồng đối với Hiệp hội Lương thực Việt Nam. Ngoài ra, các quy định hiện hành tạo ra sự phân biệt đối xử giữa các sản phẩm nông nghiệp, thủy sản sản xuất trong nước với hàng nhập khẩu, do nông sản, thủy sản nhập khẩu không chịu thuế GTGT khi vào Việt Nam.

Do thức ăn chăn nuôi được phân loại là mặt hàng không chịu thuế, nên thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ hoặc hoàn lại, làm tăng chi phí và giá bán cho người sản xuất thức ăn chăn nuôi và ảnh hưởng tiêu cực đến người chăn nuôi. Điều này gây lo ngại về tính công bằng và có thể làm giảm khả năng cạnh tranh so với các sản phẩm nhập khẩu, vốn cũng không chịu thuế. Hơn nữa, quy định yêu cầu người mua chỉ được hoàn thuế GTGT sau khi người bán đã kê khai, nộp thuế đã gây chậm trễ cho nhiều doanh nghiệp xuất khẩu, phải chờ xác minh nghĩa vụ thuế của người bán, từ đó tạo ra trở ngại, rủi ro cho doanh nghiệp.

3 đề xuất sửa đổi

Trước những phản hồi từ doanh nghiệp và trong bối cảnh bão lũ liên tục ảnh hưởng đến nền kinh tế, đặc biệt là trong lĩnh vực nông nghiệp và chăn nuôi, Bộ Tài chính nhận định đây là vấn đề cấp bách cần được sửa đổi, bổ sung kịp thời vào Luật Thuế GTGT.

Dự thảo mới khôi phục quy định hàng nông, lâm, thủy sản (chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường) mua bán ở khâu thương mại không phải kê khai, nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Theo đó, doanh nghiệp sẽ không phải nộp thuế GTGT đầu vào 5% đối với hàng nông sản ở khâu thương mại. Điều này giải quyết tình trạng doanh nghiệp chủ yếu sản xuất để xuất khẩu, thu thuế GTGT rồi được hoàn thuế, giảm áp lực tài chính và tăng hiệu quả kinh doanh cho doanh nghiệp. Dự thảo cũng sửa đổi chính sách thuế GTGT đối với sản phẩm nông, lâm, chăn nuôi, thủy sản dùng làm thức ăn chăn nuôi cho phù hợp với quy định hiện hành về thức ăn chăn nuôi. Bộ Tài chính tin tưởng rằng, việc sửa đổi quy định này sẽ giúp doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh thức ăn chăn nuôi không phải nộp thuế GTGT 5%, qua đó giảm chi phí sản xuất, tăng sức cạnh tranh với hàng nhập khẩu. Dự thảo cũng bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT theo hướng người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai và nộp thuế. Điều này giúp rút ngắn thời gian hoàn thuế, doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn thuế theo quy định mà không phải chờ xác minh việc kê khai và nộp thuế của người bán.

Trước đó, cuối tháng 10, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ đề xuất giải pháp tháo gỡ vướng mắc về chính sách thuế GTGT. Thực tế, các mặt hàng nông sản như cà phê, hồ tiêu, hạt điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu hầu hết chỉ qua các khâu sơ chế như bóc vỏ, sấy, xay xát, bảo quản, nên không tạo ra giá trị gia tăng đáng kể. Theo VCCI, việc áp dụng mức thuế suất GTGT 5% đối với các mặt hàng nêu trên là không phù hợp với bản chất của thuế GTGT là chỉ đánh vào giá trị gia tăng phát sinh trong quá trình sản xuất kinh doanh. Cơ chế "thu trước, hoàn sau" buộc doanh nghiệp phải ứng trước một khoản vốn lớn để nộp thuế, mặc dù biên lợi nhuận chỉ từ 1-3%. Ví dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT hàng năm, ngành hồ tiêu phải ứng trước 85 triệu USD. Điều này làm tăng chi phí xuất khẩu, khiến hàng hóa Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các nước như Brazil, Indonesia và Ấn Độ, nơi nông sản thô được miễn thuế hoặc áp dụng mức thuế suất 0%.

Theo VNS