Các thủ tục hoàn thuế GTGT phức tạp đã gây khó khăn cho doanh nghiệp vì quy trình hoàn thuế thường bị trì hoãn hàng tháng trời, thậm chí bị từ chối. Các doanh nghiệp đang đề xuất cơ chế hoàn thuế tự động cho các hồ sơ hợp lệ.

Đại biểu Quốc hội đã nhiều lần gửi đơn kiến ​​nghị đến cơ quan thuế, đề nghị Quốc hội quy định rõ trách nhiệm của cơ quan thuế, đặc biệt là đối với việc hoàn thuế GTGT. Doanh nghiệp bức xúc vì việc thu thuế thì dễ, nhưng việc hoàn thuế lại khó. Trách nhiệm phải công bằng theo quy định của pháp luật. Doanh nghiệp chậm nộp thuế sẽ bị phạt, ngược lại, cơ quan thuế chậm hoàn thuế cũng phải chịu trách nhiệm tương tự. 

VCCI vừa có văn bản kiến ​​nghị lên Thủ tướng Chính phủ, đề xuất các giải pháp tháo gỡ vướng mắc về chính sách thuế GTGT. Hơn ba tháng sau khi Luật Thuế GTGT năm 2024 có hiệu lực, VCCI đã nhận được nhiều đơn kiến ​​nghị của các hiệp hội ngành hàng đại diện cho các doanh nghiệp thủy sản, cà phê, hồ tiêu, chăn nuôi, chế biến thực phẩm và đồ gỗ. Các ngành này đang gặp khó khăn, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền, sức cạnh tranh và thị phần xuất khẩu hàng nông sản.

Theo Luật Thuế GTGT năm 2024, hàng hóa “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc mới qua sơ chế” được áp dụng mức thuế suất 5%. Trên thực tế, nhiều sản phẩm nông nghiệp như cà phê, hồ tiêu, hạt điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu chỉ được chế biến sơ bộ qua các công đoạn đơn giản như tách vỏ, sấy khô, bóc vỏ, rang xay. Các công đoạn này không tạo ra giá trị gia tăng đáng kể. Theo VCCI, việc áp dụng mức thuế suất VAT 5% cho các sản phẩm này là không phù hợp với nguyên tắc cơ bản của thuế VAT, chỉ đánh thuế trên phần giá trị gia tăng trong quá trình sản xuất kinh doanh. Đặc biệt, theo cơ chế “thu trước, hoàn thuế sau”, doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn lớn để nộp thuế, mặc dù biên lợi nhuận chỉ từ 1-3%. Ví dụ, ngành cà phê phải nộp trước gần 10.000 tỷ đồng tiền thuế VAT hàng năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước khoảng 85 triệu USD. Điều này làm tăng chi phí xuất khẩu và làm suy yếu khả năng cạnh tranh của Việt Nam so với các nước như Brazil, Indonesia, Ấn Độ, nơi xuất khẩu nông sản thô được miễn thuế hoặc áp dụng mức thuế suất 0%.

VCCI nhận định quy trình hoàn thuế GTGT vẫn còn phức tạp và tiềm ẩn nhiều rủi ro pháp lý, với nhiều doanh nghiệp báo cáo việc hoàn thuế bị chậm trễ kéo dài nhiều tháng, hoặc bị từ chối thẳng thừng vì những lý do ngoài tầm kiểm soát. Một quy định mới theo Luật GTGT năm 2024 quy định việc hoàn thuế chỉ được thực hiện khi người bán đã kê khai và nộp thuế. VCCI cho rằng quy định này là bất hợp lý, vì nó chuyển trách nhiệm của người bán sang người mua, người đã hoàn thành mọi nghĩa vụ thuế. Ngoài ra, các nhà xuất khẩu bán hàng qua các nền tảng thương mại điện tử như Amazon và Alibaba gặp khó khăn trong việc hoàn thuế do thiếu hợp đồng và giấy tờ truyền thống. Việc không thể sử dụng dữ liệu số, hóa đơn điện tử hoặc chứng từ thay thế đã khiến nhiều nhà xuất khẩu hợp pháp không được hoàn thuế theo quy định.

Hoàn thuế GTGT tự động

VCCI đề xuất sửa đổi các quy định liên quan đến thuế GTGT đối với hàng nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế. VCCI cũng đề xuất khôi phục (hoặc khôi phục tạm thời) nguyên tắc “không kê khai, không nộp thuế” áp dụng đối với nông sản đã qua sơ chế theo Nghị định 209/2013. VCCI cũng kiến ​​nghị Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính thiết lập cơ chế hoàn thuế GTGT tự động cho các hồ sơ hợp lệ, không gian lận, tương tự như hệ thống đã được triển khai tại các nước như Ấn Độ. Đồng thời, cần có cơ sở dữ liệu điện tử kết nối giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để hỗ trợ việc xác minh, đối chiếu nhanh chóng, chính xác. VCCI cũng đề xuất sửa đổi điều kiện hoàn thuế, bỏ quy định chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp đã kê khai và nộp thuế GTGT. Điều kiện này được cho là bất hợp lý, vì nó khiến người mua bị từ chối hoàn thuế do lỗi của bên thứ ba mặc dù đã hoàn thành nghĩa vụ thanh toán, chứng từ và báo cáo.

Theo VCCI, việc đảm bảo tuân thủ thuế của người bán nên là trách nhiệm của cơ quan thuế, chứ không phải của người mua. VCCI kiến ​​nghị Chính phủ và Bộ Tài chính cho phép sử dụng chứng từ điện tử và dữ liệu giao dịch số làm bằng chứng hợp lệ cho việc hoàn thuế GTGT xuất khẩu. VCCI cho rằng mức phạt hành chính hiện hành, từ 5 đến 8 triệu đồng, đối với các lỗi kỹ thuật nhỏ như khai báo chậm hoặc mã hợp đồng không chính xác, là quá nặng và tạo áp lực không cần thiết. VCCI đề xuất chính sách khoan hồng: miễn phạt đối với các vi phạm lần đầu hoặc vi phạm nhỏ dưới 50.000 đồng để khuyến khích người nộp thuế tự nguyện tuân thủ, thay vì gây tâm lý e ngại cho người nộp thuế.

Theo VNS